Acabo de pasar una hora en este mismo problema; Probablemente cometiste el mismo error tipográfico que yo.
El problema para mí estaba en .yml definición de esquema. En la sección donde definí las relaciones entre mis tablas, tenía esta entidad objetivo:
targetEntity: mlEmailNotif
en lugar de
targetEntity: MlEmailNotif
Entonces, la 'm' minúscula hace que la doctrina cree un nuevo alias para una nueva tabla (la comparación de php distingue entre mayúsculas y minúsculas).
