Sospecho que %ProgramFiles% está apuntando a la carpeta incorrecta.
Prueba @echo %ProgramFiles% de un archivo para ver en qué carpeta está buscando. Tienes que asegurarte de que no está en el Program Files x86 carpeta.
Encontré este enlace también, ¿quizás pueda ayudarte?
Fuente:cómo obtener archivos de programa x86 env variable?
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Para estar seguro, ¿puede probarlo con la ruta completa en lugar de la variable del sistema?
Así,
@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...
msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn
echo Configurating MySQL Server...
"C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\mysqlinstanceconfig.exe"
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8
echo Installation was successfully
o incluso
@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...
msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn
echo Configurating MySQL Server...
cd "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\" <-- set folder first, then run executeable
mysqlinstanceconfig.exe
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8
echo Installation was successfully
