No, la versión actual (5.2.10 beta) no es compatible.
Sin embargo, el formato de archivo no es propietario:es un archivo zip simple. Contiene un solo documento XML que es el modelo de base de datos completo. Escribí esta SO pregunta
hace un par de meses con el mismo objetivo que pareces tener tú. Quería poder hacer svn diff model.mwb
La respuesta que obtuve me ayudó a escribir un pequeño script que descomprimía el archivo antes de pasarlo a la herramienta diff. Funcionó decentemente y, si está interesado, puedo publicarlo en alguna parte.
También recientemente comencé un hilo en el foro de Workbench sobre este tema. Con suerte, alguien del equipo de desarrollo puede proporcionar más información sobre esto.
EDITAR:ahora está siendo rastreado por MySQL Bug #51203 con un objetivo de 6,0.
