Prueba LINES TERMINATED BY '\r\n'
Esto funcionará para archivos que terminan líneas con '\r\n', pero también con '\r' y '\n'. De los documentos de MySQL:
[EDITADO]
También necesita agregar \r\n a la cláusula FIELDS TERMINATED BY para decirle al analizador que no incluya los símbolos de final de línea en el último campo de la primera línea. Entonces
FIELDS TERMINATED BY ';, \t\r\n'
funcionará en la mayoría de los casos.
