Este es un script bash linux ejemplo usando mdbtools para extracción automática e importación desde un archivo mdb a mysql.
#!/bin/bash
MDBFILE="Data.mdb"
OPTIONS="-H -D %y-%m-%d"
mdb-export $OPTIONS $MDBFILE TableName_1 > output_1.txt
mdb-export $OPTIONS $MDBFILE TableName_2 > output_2.txt
mdb-export $OPTIONS $MDBFILE TableName_n > output_n.txt
MYSQLOPTIONS=' --fields-optionally-enclosed-by=" --fields-terminated-by=, -r '
mysqlimport $MYSQLOPTIONS -L -uuser -ppasword database output_1.txt
mysqlimport $MYSQLOPTIONS -L -uuser -ppasword database output_2.txt
mysqlimport $MYSQLOPTIONS -L -uuser -ppasword database output_n.txt
Puede usar algunas otras opciones de mysqlimport:--delete:para eliminar datos anteriores de la tabla mysql de destino.--ignore:ignorar duplicados--replace:reemplazar si se encuentra un duplicado
No es una solución de Windows, pero espero que ayude.