Si dices que las consultas más populares son la base de tiempo, te recomendaría ir con una sola columna que almacene el tiempo como en tu primera opción .
Puede elegir su propia época para la aplicación y trabajar desde allí.
Esto debería simplificar las consultas que deben escribirse al buscar los intervalos de tiempo.
También eche un vistazo a 10.3.1. Los tipos DATETIME, DATE y TIMESTAMP
