Consulta de actualización con LEFT JOIN, variable y autoincremento usando MySQL

tu problema es con LPAD

LPAD se define así

   LPAD(str, len, padstr) 

en tu consulta deberías usar así

 LPAD(id, 5, 0) 

en su consulta LPAD(@var,5,'0') devolverá siempre 00001 como @var es 1