Error de columna desconocida de MySQL al usar ALTER, no entiendo el comportamiento

Yo tuve el mismo problema. Lo resolví haciendo CAMBIAR COLUMNA (o MODIFICAR COLUMNA) antes de AGREGAR COLUMNA.

En su ejemplo, eso daría la siguiente declaración SQL:

ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;