La documentación de peewee ha hablado sobre este problema, aquí está el enlace:Error 2006:el servidor MySQL se ha ido
Entonces tiene algunos problemas para administrar la conexión de su base de datos.
Como no puedo reproducir su problema, ¿podría probar este? Cierre su base de datos de esta manera:
@app.teardown_appcontext
def close_database(error):
db.close()
Y puede obtener información del documento:Paso 3:Conexiones de base de datos