No estoy familiarizado con mysql-connector, pero su comportamiento parece ser similar a MySQLdb a este respecto. Si eso es cierto, necesita usar un poco de formato de cadena:
sql = """SELECT avg(downloadtime) FROM tb_npp where date(date) = %s
and substring(host,6,3) in ({c})""".format(
c=', '.join(['%s']*len(dc)))
args = ['2013-07-01'] + dc
cursor3.execute(sql, args)
