¿Cómo puedo unir dos tablas en varias columnas en CakePHP 3?

Sí, es posible. Simplemente use matrices para expresar las columnas que deben coincidir:

$this->belongsTo('Things', [
    'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
    'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);

Eso coincidirá con key1 = fk1 y key2 = fk2