¿Cómo puedo deshabilitar una ID de incremento automático para que no se actualice en una actualización de clave duplicada?

Debe hacer que la clave principal sea la columna ID y luego configurar (Fruta, Color) como una clave única. Luego puede ejecutar la consulta proporcionada por @Andrew B Anthony a continuación:

INSERT INTO table (Fruit, Color) VALUES
    Apple, Red)
ON DUPLICATE KEY UPDATE 
Fruit=values(Fruit),
Color=values (Color)