Análisis de datos JSON e inserción en MySQL

1. No convierta json en una matriz asociativa a ciegas. Crea más problemas.
2. Para acceder a las propiedades que contienen caracteres especiales o palabras reservadas, use marcadores de posición como $data->{'$ts'}
3. Recorra matrices y objetos si es necesario.
4. Agregar un incremento automático id columna a tablas ayuda a almacenar datos para un dispositivo.
5. Es una buena idea agregar time a error_log mesa también

Probé la siguiente versión corta de su pregunta original y funciona.

<?php
        $_user = 'root';
        $_password= 'root';
        $_db = 'localtest';
        $_host = 'localhost';
        $_port = 3306;
    $con = new mysqli($_host, $_user, $_password, $_db) or die(mysql_error);

    //read the json file contents
    $jsondata = file_get_contents('test.json');

    //do not convert to array
    $json = json_decode($jsondata);

    $id = $json->device->sn;
    foreach($json->data as $key => $data){
        if(empty($data) || !isset($data->{'$ts'})){
            continue;
        }
        if (isset($data->{'$msg'})){
            $msg = $data->{'$msg'};
            $time = $data->{'$ts'};

            $sql="INSERT into error_log (sn, time, MSG) VALUES (?,?,?); ";
            $stmt = $con-> prepare($sql);
            $stmt -> bind_param("iss", $id,$time, $msg);
            $stmt -> execute();
        }else{
            $time = (isset($data->{'$ts'}))? $data->{'$ts'}:'';
            $RH = (isset($data->RH))? $data->RH:'';
            $AT = (isset($data->AT))? $data->AT:'';
            $MINVi = (isset($data->MINVi))? $data->MINVi:'';

            //insert into mysql table
            $sql="INSERT into test (sn, date, RH, AT, MINVi) VALUES (?,?,?,?,?); ";
            $stmt = $con-> prepare($sql);
            $stmt -> bind_param("issss", $id,$time,$RH,$AT,$MINVi);
            $stmt -> execute();
        }


    }
    mysqli_close($con);

?>