Tiene problemas de tiempo de espera y demasiadas conexiones. Intente reducir su tiempo de espera de espera y tal vez el tiempo de espera interactivo.
No sé si está usando PDO (recomendado de todas las publicaciones que he visto aquí), pero intente hacer que la conexión MySQL sea persistente para que no tenga que seguir abriendo nuevas conexiones para cada actualización.
