Encontré una solución más rápida que ahorra entre 2 y 3 segundos al actualizar 500 registros e insertar 500 registros.
function newSQL() {
global $server, $username, $password, $database;
$con = new mysqli($server, $username, $password, $database);
return $con;
}
$mysqli = newSQL();
$mysqli->multi_query($multiUpdates);
$mysqli->close();
$mysqli = newSQL();
$mysqli->query($sqlInserts);
$mysqli->close();
No estoy seguro de cuán práctico es, pero funciona bien para la velocidad.