Mysql codeigniter php asc desc orden por resultado de conteo usando php

No estoy seguro de si esta es la mejor práctica. También puede no ser bueno si tiene muchos datos en DB. Pero me gustaría sugerir.

1.Obtenga los ID de categoría en una matriz.

2. Unir las tablas de la siguiente manera, para cada categoría. (Usando un bucle foreach para la matriz)

$this->db->select('*');    
$this->db->from('at_category');
$this->db->join('at_category_taxonomy', 'at_category.cat_id = at_category_taxonomy.cat_id');
$this->db->join('at_shop', 'at_category.cat_id = at_shop.shop_category');
$this->db->where('at_category', 1);
$query = $this->db->get();

en el código anterior, $this->db->where ('at_category', obtener ID de matriz );

3.$query es el resultado para cada categoría.

4. El número de tiendas para cada categoría puede tomarse como,

$numberOfShos = $query->num_rows();