Estaba luchando con un problema similar.
La respuesta que encontré fue relativamente simple...
$queryBuilder -> select('table.column1 alias1, table.column2 alias2');
Separe con una coma y use un espacio después de la columna para poner el alias de la columna.
EDITAR:
No se pueden mezclar objetos con valores. Solo puedes hacer una de estas:
$qb -> select('tableAlias1', 'tableAlias2')
$qb -> from('table1','tableAlias1')
$qb -> leftJoin('table2','tableAlias2');
O
$qb -> select('tableAlias1.column1', 'tableAlias2.column1')
$qb -> from('table1','tableAlias1')
$qb -> leftJoin('table2','tableAlias2');
Deberá especificar cada columna que desea recuperar de cada tabla si decide que necesita extraer ciertas columnas en la parte superior de una tabla.