Déjame tratar de entender...
El archivo entrante tiene comillas. Quiere enviarlo a una base de datos. Cuando lo recupere de la base de datos, todavía querrá que esas cotizaciones estén allí.
Entonces, ¿es solo hacia/desde la base de datos que tiene su problema?
Si es así, altamente Sospecho que está haciendo algo del orden de:(Lo envuelvo en un descargo de responsabilidad para evitar que los desprevenidos lo malinterpreten y corten/peguen en sus propias aplicaciones.;))
Mal - no hagas esto
String sql = "insert into foo (bar,baz) values(" +myValue1 + ", " + myValue2 + ")";
Statement stmt = connection.createStatement();
stmt.executeUpdate(sql);
Mal - no hagas eso
Si es así, entonces realmente debería usar los parámetros de la declaración preparada como mínimo. a) será menos vulnerable a la basura maliciosa que elimina todas sus tablas, yb) no tendrá ningún problema de escape.
String sql = "insert into foo (bar, baz) values( ?, ? )";
PreparedStatement stmt = connection.prepareStatement(sql);
stmt.setString(1, myValue1);
stmt.setString(2, myValue2);
stmt.executeUpdate();
Tenga en cuenta que también es más seguro en el caso de cosas como CLOB y los detalles de diferentes implementaciones de bases de datos (estoy pensando en usted, Oracle>))
Si se trata de algún otro tipo de escape, es decir, hacia/desde XML o hacia/desde HTML, entonces eso es diferente, pero está bien documentado en toda la web.
O proporcione algún código de ejemplo si estoy totalmente fuera de lugar.