La biblioteca R mysql depende de libmysqlclient/libmariadbclient. La contraseña de caching_sha2 que falta parece ser un indicador de que no está instalada una versión anterior de mysqlclient o libmariadbclient. Hace muy poco se agregó caching_sha2_password a mariadb (3.0.8)
Una alternativa, como esta respuesta , es cambiar el usuario en mysql para usar un mecanismo de autenticación diferente:
Configuraste al usuario de nuevo a mysql_native_password:
ALTER USER 'username'@'localhost'
IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password'
Para que esto sea el valor predeterminado para todos los usuarios recién creados, cambie la configuración de my.cnf/my.ini default_authentication_plugin=mysql_native_password
