Además, el controlador mySQL JDBC se ha pulido durante un largo período y tiene varios ajustes de optimización, como el almacenamiento en caché de metadatos. Me sorprendería que los desarrolladores de JDBC hubieran dejado mucha sobrecarga de TCP/IP en el controlador.
Pasar de JNI a la implementación basada en C probablemente costaría más saltar al código nativo de lo que se puede obtener con la reducción de la sobrecarga de TCP/IP.
Si realmente desea reducir la sobrecarga de TCP/IP, puede considerar usar una base de datos integrada como sqlite, derby o hypersonic.