MySQL, PHP:seleccione * de la tabla donde la identificación no está en la matriz

En caso de que $all es la matriz de la que desea extraer los identificadores no deseados, esto podría ser lo que necesita después del código que proporcionó:

$ids_to_exclude = array();

// iterate through servers
foreach ($all as $server_id => $dates) {
    // iterate through dates of each server
    foreach ($dates as $date => $id) {
        // If a value is not in the array, add it.
        // In case ids don't repeat, you won't need this if
        if (!in_array($id, $ids_to_exclude)) {
             // add $id to the array
             $ids_to_exclude[] = $id;
        }
    }
}

$sql_condition = "where `id` not in (".implode(",",$ids_to_exclude).")";

Solo tenga cuidado al escribir consultas con concatenación de cadenas. Lea acerca de inyección SQL y como prevenirlo. Use Declaraciones preparadas en lugar de concatenación pura.