actualizar dos tablas en una sola consulta en mysql

Debería ser posible con una actualización de varias tablas, como se describe en la documentación.

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5 /es/actualizar.html

UPDATE supply a INNER JOIN equipment b ON (a.IAR_NO= b.IAR_NO)
SET a.IAR_NO =  "9" , b.IAR_NO =  "9"
WHERE equipment.IAR_NO = 0 and supply.IAR_NO = 0;

Nota:

Si está actualizando dos tablas con datos idénticos, probablemente haya una mejor manera de diseñar su base de datos. Recuerda mantener tu programación SECA .