¿Cómo configurar un campo AUTO_INCREMENT para comenzar con el valor 6000 en mysql?

Si su tabla ya existe:

ALTER TABLE your_table AUTO_INCREMENT = 6000;

Si está creando su tabla desde cero:

CREATE TABLE your_table () AUTO_INCREMENT = 6000;

Fuente y lecturas adicionales:

• Manual de referencia de MySQL 5.1 ::Uso de AUTO_INCREMENTO

Caso de prueba:

CREATE TABLE users (
   user_id  int NOT NULL, 
   name     varchar(50),
   PRIMARY KEY (user_id)
);

INSERT INTO users VALUES (1, 'Bob');
INSERT INTO users VALUES (2, 'Joe');
INSERT INTO users VALUES (3, 'Paul');

ALTER TABLE users MODIFY user_id int NOT NULL AUTO_INCREMENT;
ALTER TABLE users AUTO_INCREMENT = 6000;

INSERT INTO users (name) VALUES ('Keith');
INSERT INTO users (name) VALUES ('Steve');
INSERT INTO users (name) VALUES ('Jack');

SELECT * FROM users;
+---------+-------+
| user_id | name  |
+---------+-------+
|       1 | Bob   |
|       2 | Joe   |
|       3 | Paul  |
|    6000 | Keith |
|    6001 | Steve |
|    6002 | Jack  |
+---------+-------+
6 rows in set (0.01 sec)