Si bien mysqldump es la causa comúnmente reportada para esto, no es la única.
En mi caso, ejecutar craft:migrate en cualquier base de datos también desencadenará este error para diferentes bases de datos en el mismo servidor.
De lo contrario, intente cambiar los preparativos a emulados.
'options' => [
\PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES => true
]