No puedo probar esto, pero podría intentar algo como:
update table t
set mi_percentile = (
select count(*)
from table t1
where M1 < t.M1 / (
select count(*)
from table));
ACTUALIZAR:
update test t
set m1_pc = (
(select count(*) from test t1 where t1.M1 < t.M1) * 100 /
( select count(*) from test));
Esto funciona en Oracle (la única base de datos que tengo disponible). Recuerdo haber recibido ese error en MySQL. Es muy molesto.