Para conectarse a través de un puerto (y no el predeterminado 3306), use:
mysqldump -u root -pmypassword -P 3308 dbname > out.sql
Además de eso, una prueba simple para ver si MySQL responde en el puerto 3308 es intentar hacer telnet:
telnet 127.0.0.1 3308
Si MySQL está escuchando en el puerto 3308, responderá con un error y la versión se está ejecutando.
