¿Puede publicar más información sobre la estructura de la tabla y qué quiere decir con que algunos están duplicados pero solo por dos columnas?
De todos modos, puedes buscar en el GROUP BY , COUNT , y HAVING
SELECT `duped_field1`, `duped_field2`, COUNT(*) `tot`
FROM `table`
GROUP BY `duped_field1`, `duped_field2`
HAVING `tot` > 1
