La forma más fácil de averiguarlo es escribir una prueba unitaria y obtener algunos números.
Mi teoría era que la marca de tiempo sería más rápida, pero según este blog estoy equivocado:http://dbscience.blogspot.com/2008/08/can-timestamp-be-slower-than-datetime.html
Esta es la razón por la que tiendo a obtener números, mediante perfiles, antes de decidir dónde optimizar, ya que mi intuición puede ser bastante equivocada a veces.
Por lo tanto, puede depender de la versión de MySQL que esté utilizando, pero parece que la fecha y hora puede ser más rápida.