La mejor manera de lograr una eliminación temporal con Hibernate es usar la anotación @SQLDelete en sus clases.
asegúrese de que su asignación esté configurada para eliminar en cascada
llamar a session.delete(yourClass) debería lograr su eliminación temporal
//used to overide the normal delete behavior
@SQLDelete(sql="UPDATE (table_name) SET deleted = '1' WHERE id = ?")
//optional Use this to exclude deleted element from get
@Where(clause="deleted <> '1'")
//OR (Filter may also be used if you need to load deleted items occasionally)
@FilterDef(name="ProductFilter",defaultCondition="deleted <> 1 ")