Puede acceder a otras bases de datos en la misma instancia de MySQL anteponiendo a la tabla el nombre de base de datos apropiado. ES:
SELECT *
FROM this_database.table_1 t1
JOIN that_database.table_2 t2 ON t2.column = t1.column
Tenga en cuenta
Una consulta se ejecuta con las credenciales de la autenticación utilizada para configurar la conexión. Si desea consultar dos tablas simultáneamente en dos (o más) bases de datos, el usuario utilizado para ejecutar la consulta necesitará acceso SELECT a todas las bases de datos involucradas.