La source
comando es un comando específico del cliente puro (línea de comandos) que MySQL Workbench no admite. Simplemente cargue el archivo sql para ejecutarlo.
Actualizar (después de editar su pregunta)
Su archivo SQL contiene DDL. LOAD DATA INFILE
sin embargo, solo importa DML. No hay reemplazo para el SOURCE
del cliente de línea de comandos de MySQL dominio. Sin embargo, el soporte para eso en MySQL Workbench está en nuestra lista de tareas pendientes.