JSON con formato personalizado de MYSQL PDO para usar en NVD3.js

Debe crear una nueva matriz con esta estructura antes de codificarla como objeto json. Esto haría el trabajo (su nueva matriz formateada está en $ new_array, por lo que puede codificar eso con json):

$new_array = array();
foreach($pdo_response as $bf) {
            if(empty($new_array[$bf['volume_name']])) {
                    $new_array[$bf['volume_name']] = array("key" => $bf['volume_name'], "values" => array());
            }
    $new_array[$bf['volume_name']]['values'][] = array("x" => $bf['recoreded'], "y" => $bf['volume_files_used']);
}

Utilice array_values() si desea claves numéricas (0 - ....) para la primera dimensión.