Esa es una limitación tradicional de MySQL Workbench. No puede abrir 2 modelos al mismo tiempo en una sola instancia de MySQL Workbench. Sin embargo, en algunas plataformas (como Windows), puede abrir varias instancias (solo tenga cuidado al cambiar la configuración, las conexiones, etc., ya que se comparten entre todas las instancias, el último guardado gana).
En Windows, es posible que primero deba habilitar varias instancias cambiando la configuración en Edit > Preferences > Others (tab) :
