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Highchart - Mostrar datos JSON - MYSQL / PHP

Primero intente analizar los datos (JSON) antes de pasarlos como argumento a setData -

chart.series[0].setData( eval( '(' + data + ')' ) );

Actualización: 

[["2011-03-20 18:53:47",40],["2011-03-21 18:53:47",300],...]

"2011-03-20 18:53:47" no es un valor x válido para una serie de fecha y hora. Debe ser un número que represente la fecha en milisegundos.

Puede solucionarlo haciendo cambios en uno de los siguientes -

  1. Javascript (lado del cliente).
  2. En tu código PHP
  3. En su consulta SQL.

Haga eso en su consulta SQL o PHP, para que no tenga que meterse con Javascript y que su JSON se vea como -

[[1318605385652, 40],[1318605385652,300],...]

Luego, después de eso, solo haz eval .