Eso suena difícil. No entiendo por qué 32000:¿mysql se niega a crear más bases de datos que esa? ¿Qué error obtienes? Parece arbitrario:¿tal vez esta es una variable de configuración que se puede cambiar?
Algunas posibilidades. Podría ejecutar más de un servidor mysql , cada uno con un directorio de datos diferente. No creo que ayude, pero podría buscar en el motor de almacenamiento NDB, puede manejar tablespaces lo que podría permitirle almacenar datos en varias ubicaciones.