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¿Cómo crear una consulta MySQL para encontrar publicaciones relacionadas de varias tablas?

Si solo tuviera la tabla de etiquetas (no la tabla de categorías), este es un comienzo más optimizado:

SELECT article_id,count(*) AS q 
FROM article_tags 
WHERE id_tag IN (
    SELECT id_tag 
    FROM article_tags 
    WHERE article_id=41
) 
AND article_id!=41 
GROUP BY article_id 
ORDER BY q DESC