Conjunto múltiple y cláusulas where en la consulta de actualización en mysql

Puede usar INSERT INTO .. ON DUPLICATE KEY UPDATE para actualizar varias filas con diferentes valores.

Necesita un índice único (como una clave principal) para que la parte de "clave duplicada" funcione

Ejemplo:

INSERT INTO table (a,b,c) VALUES (1,2,3),(4,5,6)
  ON DUPLICATE KEY UPDATE b = VALUES(b), c = VALUES(c);

-- VALUES(x) points back to the value you gave for field x
-- so for b it is 2 and 5, for c it is 3 and 6 for rows 1 and 4 respectively (if you assume that a is your unique key field)

Si tienes un caso específico te puedo dar la consulta exacta.