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Permiso PHP MySQLi denegado pero trabajando desde MySQL CLI

Supongo que tiene habilitado SELinux en su servidor. De forma predeterminada, no permite que el proceso de apache inicialice las conexiones de red salientes.

Copia de una respuesta de https://serverfault.com/a/456875/442205

Para comprobar SELinux

sestatus

Para ver qué banderas están configuradas en los procesos httpd

getsebool -a | grep httpd

Para permitir que Apache se conecte a una base de datos remota a través de SELinux

setsebool httpd_can_network_connect_db 1

Utilice la opción -P para que el cambio sea permanente. Sin esta opción, el valor booleano se restablecería a 0 al reiniciar.

setsebool -P httpd_can_network_connect_db 1