Tu aplicación se ejecuta en la IP proporcionada en Homestead.yaml entonces, cuando localhost es relativo a su aplicación, el puerto 3306 funciona. Cuando ejecutas craft sin usar SSH en tu máquina virtual vagabunda, estás ejecutando el comando relativo al host local de tu máquina, no a la máquina virtual, por lo que estás intentando ejecutar las migraciones en una máquina sin base de datos.
La razón por la que el puerto 33060 funciona para su máquina local es porque Homestead reenvía este puerto de forma predeterminada al puerto 3306 de sus máquinas virtuales vagabundas. Pero debido a su .env ahora especificando el puerto 33060, la máquina virtual vagabunda ahora no puede alcanzar el puerto 3306.
Deja el DB_HOST establecido en 127.0.0.1 con el puerto 3306 y SSH en tu máquina virtual vagabunda a través de vagrant ssh comando para ejecutar su comando de migración.
O, alternativamente, podría tener múltiples .env archivos para sus diversos entornos
