Aquí hay 3 posibilidades:
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Los datos nunca llegaron a la base de datos en primer lugar. Algo sucedió en otro lugar, por lo que los datos desaparecieron. Tal vez problemas de red intermitentes, servidor sobrecargado, error de aplicación.
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Una transacción de la base de datos no se comprometió y se revirtió. Tal vez un error en el código de su aplicación, tal vez algunos datos no válidos estropearon las cosas, tal vez ocurrió una excepción de concurrencia, etc.
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Un error en mysql.
Vería 1. y 2. primero.
