La CPU puede estar alta debido a la lentitud de la consulta.
MySQL no monitorea su CPU, por lo que necesitará una herramienta de monitoreo de terceros y comparar las veces que la CPU está alta con las veces que se ejecuta la consulta (que se registra).
Utilizo AWS, que tiene un buen monitoreo, y recibo una alerta cuando la CPU está alta, luego puedo rastrear el registro de consultas lentas y ver cuáles lo están causando.
Espero que eso ayude a algunos. Pero supongo que la CPU es alta debido a la consulta y no que la consulta sea lenta debido a la CPU. Solo una suposición.
