De algunas búsquedas en Google y este reddit thread , determiné que necesita establecer la configuración regional predeterminada.
Así que el comando que funcionó para mí fue:
mysqldump --default-character-set=latin1 --lock-tables=false --single-transaction=TRUE --host=$HOST --user=$USER --password=$PASSWORD $DB
Utilicé tablas de bloqueo y transacción única porque tengo una combinación de tablas myisam e innodb.
