Ok lo resolví. Puse manualmente mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar
en mi carpeta SDK:
file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
Cambios de error de una forma más cómoda:
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Sin embargo, gracias por las sugerencias