Actualice la tabla MySQL usando un archivo CSV

Yo lo haría así:

• Cree una tabla temporal usando CREATE TABLE new_tbl LIKE orig_tbl; sintaxis
• use LOAD DATA INFILE para importar los datos del CSV a la tabla
• Utilice UPDATE para actualizar la tabla principal usando una clave principal/columna única (quizás employee_id )

Trabajé con tablas que contenían 120 millones de líneas e importé archivos CSV que contenían 30 millones de líneas; este es el método que uso todo el tiempo, mucho más eficiente que cualquier cosa en PHP (y ese es mi lenguaje del lado del servidor de elección)