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Resultado de la consulta MySql todas las horas del día

Puedes usar el COALESCE Este comando ayuda en el caso de que una selección devuelva nulo, para reemplazar nulo con un valor como este:

SELECT 
    COALESCE(count(*), 0) as clicks, 
    COALESCE(hour(time), hour(now())) as hour 
FROM 
    clicks 
WHERE DATE(time) = DATE(NOW()) GROUP BY hour

Espero que eso sea lo que estás buscando.