Puedes usar el COALESCE
Este comando ayuda en el caso de que una selección devuelva nulo, para reemplazar nulo con un valor como este:
SELECT
COALESCE(count(*), 0) as clicks,
COALESCE(hour(time), hour(now())) as hour
FROM
clicks
WHERE DATE(time) = DATE(NOW()) GROUP BY hour
Espero que eso sea lo que estás buscando.