Ejecute lo siguiente en la consola mysql, para cambiar el método de cifrado de contraseña a la versión anterior en Mysql (se cambia para usar cha2 en Mysql 8.0)
mysql -u root -p
use mysql;
ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'newpassword';
FLUSH PRIVILEGES;
Entonces debería tener la libertad de ejecutar python manage.py migrate
.