Seleccionar e insertar en múltiples bases de datos con MySQL

Usar:

INSERT INTO db1.table1
SELECT *
  FROM db2.table2 t2
 WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
                    FROM db1.table1 t1
                   WHERE t1.col = t2.col)

El existe está simplificado, pero lo omitió si hay una clave principal/auto_incremento de qué preocuparse/etc.