Relación de muchos a muchos INSERTAR

Todo lo que necesita hacer es almacenar esos ID en variables para usar en una consulta para insertar en el ab mesa. LAST_INSERT_ID() devuelve el ID de las filas insertadas. Entonces, en PHP, por ejemplo:

// Run command to insert into A, then:
$a = mysql_query('SELECT LAST_INSERT_ID();');

// Run command to insert into B, then:
$b = mysql_query('SELECT LAST_INSERT_ID();');

// Then $a and $b hold the IDs that you can use to insert into AB.
mysql_query("INSERT INTO ab (a_id, b_id) VALUES ($a, $b);");