Normalmente, los comentarios se eliminan antes de que la instrucción SQL se registre en el registro binario. Sin embargo, una solución desagradable es pretender que su comentario contiene sintaxis para alguna versión futura de MySQL, por ejemplo. 9.99.99:
/*!99999 user:jwilkie */ insert into tbl values (yyy);
Estos comentarios luego pasarán al registro binario.