Una solución podría ser usar DATE_ADD , pero no estoy seguro de cómo se comporta en cuanto al rendimiento:
SELECT DATE_ADD(FROM_UNIXTIME(0), INTERVAL 2147483647 SECOND); //2038-01-19 04:14:07
SELECT DATE_ADD(FROM_UNIXTIME(0), INTERVAL 2147483648 SECOND); //2038-01-19 04:14:08
...
SELECT DATE_ADD(FROM_UNIXTIME(0), INTERVAL 4147483647 SECOND); //2101-06-06 07:47:27
Entonces, por ahora, estoy usando
...
CASE
WHEN `javaTimeStampColumn` > 2147483647 THEN
CONVERT_TZ(DATE_ADD(FROM_UNIXTIME(0), INTERVAL `javaTimeStampColumn`/1000 SECOND),'+00:00','+00:00')
ELSE
CONVERT_TZ(FROM_UNIXTIME(`javaTimeStampColumn`/1000), '+00:00','+00:00')
END as ts
FROM table
...
lo que debería minimizar el impacto en el rendimiento, si lo hay.
